W roku szkolnym 1987/88 po raz pierwszy w budynku naszej szkoły klasy I-III rozpoczęły zajęcia. Placówka była filią Szkoły Podstawowej nr 6. Od 1 września 1988 roku istnieliśmy już jako samodzielna Szkoła Podstawowa nr 8 i kształciliśmy uczniów w klasach I-VI.

    W latach 1998-2000 byliśmy szkołą ośmioklasową. Nasze mury opuściło 5 klas ósmych.

    Od września 2000 roku decyzją Burmistrza Miasta Ostródy Szkołę Podstawową nr 8 przemianowano na Szkołę Podstawową nr 6.

    Przy istniejącym budynku w 1998 roku powstało nowe skrzydło z czterema salami lekcyjnymi, a 1 czerwca 1999 roku oddano do użytku halę sportową.

    Od 25 stycznia 2002r patronem szkoły jest Kornel Makuszyński.

    Od roku szk.2005/2006 w szkole istnieją klasy integracyjne. Ideą klas integracyjnych jest wspólna nauka i życie uczniów zdrowych i niepełnosprawnych. Jesteśmy szkołą bez barier architektonicznych; jest podjazd, winda oraz przy sali gimnastycznej dzwig platformowy wewnętrzny.